Creo que cuando pasé a DX11 estuve peleándome con esos archivos, y si no recuerdo mal todos se recrean, por lo que debería dar igual hacerlo antes y/o de nuevo después, aunque los expertos en romperlo son ellos, así que

EDITO: Bueno, siendo también programador y sabiendo lo complicado que es, no debería hacer esos comentarios, es muy fácil que algo se rompa de forma indirecta y no darse cuenta hasta después.